La plateforme LIGAN

Contexte : Installée dans les locaux d'EGID sur le site du CHU de Lille, la plateforme lilloise LIGAN-PM est dédiée au séquençage du génome humain. Nos séquenceurs à haut débit de dernière génération sont orientés vers le séquençage personnalisé des patients atteints de maladies fréquentes telles que le diabète, la maladie d’Alzheimer et certains cancers hématologiques.

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Détail du projet

LIGAN-PM est un projet financé par l’ANR dans le cadre du Programme des Investissement d’Avenir EQUIPEX.

  • L’objectif du programme EQUIPEX LIGAN-PM est en tout premier lieu le développement de protocoles adaptés à la recherche en génétique des maladies humaines; les équipements financés nous permettent d’entreprendre et de développer davantage de projets de recherche sur le plan national et international en utilisant l’état de l’art avec les technologies liées au séquençage de nouvelle génération, (Next Generation Sequencing – NGS)
  • Comment ? en optimisant l’utilisation de la plateforme de séquençage à haut débit. Ceci à des fins de diagnostic étiologique des maladies génétiques rares ou fréquentes et de médecine personnalisée.
  • Pour qui ? Ligan-PM est à la fois un outil dédié à la science avec une haute expertise en NGS en génétique humaine et également une plate-forme de service ouverte aux collaborations et prestations.

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  • Les moyens : l’équipe est constituée de plusieurs groupes :
    • un groupe biobanque, pour les extractions d’ADN et d’ARN,
    • un groupe micro-array pour les analyses de méthylation, GWAS et technologie NanoString,
    • un groupe NGS pour le développement et l’application de protocoles,
    • un groupe expérimenté en bioinformatique pour l’analyse des données à l’issue du séquençage,
    • un groupe expérimenté en statistique, pour l’analyse des données de micro-array (GWAS, méthylation, technologie NanoString) ou de transcriptomique,
    • un groupe pour le management des ressources informatiques afin de gérer les analyses bioinformatiques et de stoker les données générées pendant la durée du projet, et au-delà.

 

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