Services

Les prestations pouvant être réalisées via notre unité couvrent : l’extraction, le génotypage, les analyses de transcriptome, le séquençage NGS et les analyses bioinformatiques et statistiques de vos données. Nous sommes CSPro pour le séquençage via les équipements Illumina et pour les captures SureSelect Agilent.

Extractions

  • Extractions d’ADNs à partir de sang total
    • via kit Macherey Nagel pour des petits volumes de sang (1 – 4ml)
    • via Autopure LS Qiagen : pour de plus grands volumes : 5-10ml ; 10-20ml
  • Extractions d’ADNs à partir de salive / kit Oragene
  • Extractions d’ADNs à partir de tissus : coupes FFPE ou culots secs
  • Extractions d’ARNs à partir de tissus ou de culots secs via kit Macherey Nagel

Méduse d’ADN en suspension /CNRS Photothèque

Génotypage / Expression

  • GWAS : génotypage haut débit via IScan Illumina
  • Analyses de Méthylation via puces EPIC
  • Analyses d’expression via technologie NanoString

Différents formats de puces Illumina pour le génotypage ou les études d’expression.

SNP genotyping scatter plot : répartition des génotypes sous forme de clusters après analyse

Séquençage NGS

Préparation de librairies CoDE-seq, WES, WGS, RNA seq, ChIP seq :

    • CoDE-seq : Analyse WES CNV enrichie – Exclusivité de la plateforme
    • WES via : NimbleGen (SeqCap EZ MedExome Roche) pour le séquençage d’exome
    • WES via : Twist Human Core Exome kit
    • WES via : NimbleGen SeqCap EZ Med Exome
    • WGS : via kits PCR free pour le séquençage de génomes
    • Séquençage ciblé : capture sur demande, custom ou en ready to load
    • RNAseq : stranded mRNAseq et total RNA seq, selon projet
    • ChiP seq :  via NEXTFLEX ChipSeq kits (hors étape de ChIP)
    • ddRAD seq : en ready to load uniquement
    • Autres types de librairies selon demande

 

  • Préparation automatisée des librairies : via Starlet & Bravo
  • QC selon protocoles des fournisseurs via Bioanalyzer (Agilent) ou LabChip (Perkin-Elmer)

Profils de librairies obtenus via Bioanalyser, puces DNA1000 – Ces librairies ont été fragmentées au Bioruptor (Diagenode) et préparées via le T-Storm (Raindance). Elles sont prêtes pour le séquençage ciblé via Hiseq2500 ou Miseq.

Nos séquenceurs de nouvelle génération (NGS) : NovaSeq6000, HiSeq4000, HiSeq2500, NextSeq500, MiSeq – Illumina

Nous avons acquis le NovaSeq en juin 2017, premier équipement de ce type installé en France à l’époque ! Les équipements HiSeq4000 (le premier en Europe) et NextSeq500 ont quant à eux, été acquis au premier semestre 2015.

L’ensemble de nos équipements NGS nous permettent de vous proposer plusieurs débits de séquençage : le très haut débit, le haut débit et le moyen débit, et ainsi nous adapter à vos projets.  Quel que soit le mode choisi, tout type de librairie est susceptible d’être séquencé sur les HiSeq : Exomes, small RNA, total RNA, mRNA, MethylSeq, ChipSeq, amplicons, genomes, RAD…

Nous sommes CSPro pour le séquençage via les équipements Illumina

logo_illumina

 

L’outil Sequencing analysis viewer (Illumina) permet de visualiser les paramètres qualité de séquençage de nos HiSeq, NextSeq, MiSeq en cours de run ou à la fin d’un run.

A 1 : schéma d’une flow cell (ici 8 lanes) avec code de couleur reflétant la qualité du séquençage d’une flow cell ; 2 : données par cycle de séquençage, chaque base est représentée par une couleur ; 3 : QScore distribution, permet de visualiser le nombre de reads par score de qualité, seuls les reads passant les filtres qualité sont comptabilisés ; 4 : données par lane, (en nombre de clusters / mm²), 5 : QScore Heatmap : permet de visualiser le QScore par cycles. B visualisation en détail d’une section de flow cell. Différents paramètres de qualité peuvent ainsi être analysés (densité de clusters ayant passé les filtres, taux d’erreur (déterminé par l’alignement avec le PhiX,…)

 

Vue d’ensemble d’un run de séquençage / Image d’une section de flow cell

Analyses bioinformatiques et statistiques

  • Analyses bioinformatiques de données de séquençage haut débit:
    Exome entier :
      Nous vous proposons différents niveaux d’analyses :
    • Niveau 1 : Données FastQ et compte rendu.
    • Niveau 2 : Données FastQ, Liste des SNPs  et Indels avec un filtre 8 profondeur; fichier BAM, statistiques, compte rendu.
    • Niveau 3 :
      • Fichiers FastQ et BAM
      • Liste des SNPs avec annotations supplémentaires : gène concerné, conséquence (missense, stop lost, etc…), identifiant swissprot, changement d’acide aminé, description du gène, dbSNP hg19 (rs), fréquence Complete Genomics, fréquences 1000 Genomes, prédictions fonctionnelles pour les codants non-synonymes, MIM disease, pathway, expression, interactions
      • Liste des Indels avec annotations supplémentaires : gène concerné, conséquence (frameshift, etc…), identifiant swissprot, changement d’acide aminé, description du gène, dbSNP hg19 (rs), fréquence Complete Genomics
      • Statistiques, compte rendu
    • Niveau 4 : SUR DEMANDE (ex: étude comparative entre individus, comparaison avec données de génotypage, études de ségrégation…).
  • Analyses statistiques :
    Nous vous proposons différentes analyses, pouvant être choisies indépendamment les unes des autres :
    • Données RNA-seq
      • 1 : Analyse d’expression différentielle (normalisation et comparaison de deux ou plusieurs conditions) + annotation des résultats.
      • 2 : Identification de sites d’épissage (alternatif).
    • Données SNP array
      • 1 : Etude d’association pangénomique. Annotation des résultats (gène + littérature).
      • 2 : Imputation des génotypes à partir d’un panel de référence.
      • 3 : Etude d’enrichissement d’un signal d’association dans un ensemble de gènes (voie métaboliques, gènes candidats, liste de gènes différentiellement exprimés, etc.).
      • 4 : Détection d’altérations chromosomiques (duplication, délétion et région d’homozygotie mosaïques, etc.).
    • Données NanoString
      • 1 : Contrôle-qualité des données (données brutes, normalisées et rapport).
      • 2 : Analyse d’expression différentielle.
         

Alignements de séquences issues de séquenceur haut débit, après utilisation d’outil de type Integrative Genomics Viewer