Notre laboratoire est équipé des technologies les plus performantes et innovantes dédiées au séquençage et au NGS (Novaseq X Plus, NovaSeq6000Dx, NextSeq500, MiSeq, iSeq, ...). Nous sommes ainsi capable de répondre à l’ensemble des demandes dans ce domaine, qu’il s’agisse de la préparation robotisée de librairies en vue du séquençage haut débit, que ce soit pour des projets de séquençage d’exomes, de séquençage ciblé, de séquençage de génome et aussi de métagénomique, le séquençage De Novo ou la détection de mutations.
Novaseq X Plus, NovaSeq 6000Dx, NextSeq 500, MiSeq, iSeq – Illumina
Illumina offre des plateformes innovantes de séquençage de nouvelle génération (NGS) lesquelles génèrent des données de qualité, à une échelle sans précédent. Le NGS permet le séquençage rapide d’ADN génomiques. Les derniers séquenceurs ADN d’Illumina permettent une grande variété d’utilisations, et peuvent produire de quelques gigabases à plus d’un terabase de données en un seul run de séquençage. En cliquant sur le lien ici vous pourrez consulter les spécificités des séquenceurs Illumina.
Applications : Le séquençage via les plate-formes Illumina permet un large éventail d’applications, telles que le séquençage de l’ensemble du génome, le séquençage de novo, le séquençage de région ciblée, la découverte de mutations, et l’identification des variations du nombre de copies. Applications :
L’Iseq100 et le Miseq sont principalement dédiés au séquençage de petits génomes, au reséquençage d’amplicons ou séquençage ciblé.
Les Novaseq X Plus et DX ainsi que le Nextseq500 sont principalement dédiés au séquençage de génomes, exomes et transcriptomes.
Sanger séquenceur 3730xl DNA Analyser – Life Technologies
L’analyseur d’ADN 3730xl 48/96 capillaires est l’instrument de référence pour le séquençage Sanger. Cet instrument permet l’analyse de SNP, la détection de mutations rares et le séquençage d’ADN traditionnel. Les capillaires de 36 cm permettent un séquençage de 500pb (QV20) en 1 heure/capillaire. En cliquant sur le lien ici vous pourrez consulter les spécificités de ce séquenceur.
E220 – Covaris
Le Covaris E220 est un appareil à ultrasons ciblées conçus pour le traitement des échantillons pour de nombreuses applications biologiques et chimiques, y compris, l’ADN et la chromatine, l’homogénéisation des tissus, la lyse cellulaire, dissolution, et la micronisation de particules.
L’utilisation de l’énergie acoustique (Adaptive Focused Acoustics™) permet le traitement de 1 à 96 échantillons avec précision et exactitude avec des échantillons de volumes variables.
STARlet – Hamilton, Bravo – Agilent & Sciclone - Perkin Elmer
Les automates STARlet (Hamilton), Bravo Automated Liquid Handling Platform (Agilent) et Sciclone® G3 NGSx iQ™ (Perkin Elmer) sont des automates de pipetage dédiés aux préparations de librairies et captures pour le séquençage de nouvelle génération. Nous pouvons automatiser les protocoles des librairies TRuSeq DNA et RNA, KAPA DNA, les librairies d’amplicons Haloplex ainsi que les captures Nimblegen et Agilent, pour de l’exome entier ou de la séquence ciblée.
Chemagic Prime - Perkin Elmer
Le Chemagic Prime est une plateforme hautement automatisé combinant la technologie breveté M-PVA Magnetic Bead pour la purification d’ADN et d’ARN avec manipulation de liquide pour offrir une isolation automatisée haut-débit d’acides nucléiques ultra-pure. L’élément de manipulation liquide transfert les échantillons primaires sur des plaques appropriées pour une purification automatique d’acide nucléique qui sont ensuite à leur tour automatiquement chargés sur le pont d’extraction.
LabChip GX Touch Nucleic Acid Analyzer - Perkin Elmer
La quantification et l’analyse de la taille d’ADN et d’ARN peuvent être réalisées rapidement (quelques secondes) en utilisant une technique automatisée de séparation par électrophorèse capillaire. La technologie d’analyse d’acide nucléique microfluidique du LabChip GX Touch génère des données haute-résolution reproductibles et est optimale pour :
• La préparation de librairie NGS (analyse de fragment) et contrôle qualité
• Analyse d’ARN et d’ADN (y compris sans cellule (ADN libre circulant, FFPE, biopsie liquide et échantillons sans PCR)
• Quantification et qualification pour l’analyse d’un fragment par CRISPR
• Gel d’agarose workflow
Bioanalyzer 2100 – Agilent
Le bioanalyseur Agilent 2100 est la norme standard pour les contrôles qualité d’échantillon tels que l’ARN et a remplacé l’électrophorèse sur gel, laborieuse. Il a également remplacé rapidement l’électrophorèse sur gel pour l’analyse de fragment d’ADN et l’analyse SDS-PAGE des échantillons de protéine.