Analyse bioinformatique et biostatistique

Notre expertise s’étend jusqu’à l’analyse bioinformatique et/ou bio-statistique de vos données. Nous avons mis en place différents pipelines d’analyse automatisés, basés sur les meilleurs algorithmes du moment. Nous disposons de plusieurs dizaines de serveurs de calcul pour les faire tourner, ainsi que des capacités de stockage nécessaires.

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Les volumes et la qualité des données produites par les nouvelles générations de séquenceurs changent régulièrement. Notre laboratoire s’adapte continuellement et propose le développement d’utilitaires pour vous répondre et obtenir le meilleur de vos données : alignement et découverte de variants par le séquençages d’exomes et de génomes, annotation des variants découverts à partir de données publiques (Ensembl, Encode, …), études familiales et épigénétiques telles que l’étude de transcriptomes ou de méthylomes et d’interactions protéines-ADN. Nous produisons également diverses statistiques vous assurant le contrôle de la qualité des données générées.

Groupe biostatistique

Le groupe de biostatistique est composé de 3 biostatisticiens. Il assure :

Expertise

  • Etude d’association pan-génomique :
    • transversale et longitudinale,
    • en cas-contrôle et en familial.
  • Détection d’évènements chromosomiques (mosaïque / CNV).
  • Priorisation de gènes.
  • Analyses de données transcriptomiques, épigénétiques et métabolomiques.

biostat-202101

Adaptée de Canouil et al. (2018)

 

 

Groupe Bio-informatique

Le groupe de bioinformatique est composé de 4 bioinformaticiens. Il assure :

  • La gestion et l’analyse des données issues des séquenceurs à haut-débit des projets du laboratoire, dont les études “exome entier” (WES) ou « génome entier » (WGS) sur le diabète de type 2 et l’obésité
  • La gestion et l’analyse des données issues des séquenceurs à haut-débit lors de prestations de service LIGAN-PM (WES, WGS, RNA-seq, miRNA-seq, Met-seq, ChIP-seq, Capture-C, Hi-C, Single-cell, CNV detection from Exome…)
  • La sélection et la validation, ou le développement, puis l’intégration, d’outils logiciels pour l’acquisition, l’analyse et l’aide à l’interprétation des résultats
  • Le développement de pipelines d’analyses et leur maintien par l’utilisation des méthodes les plus récentes (Nextflow, Slurm, Docker, …)
  • L’intégration de nouvelles plateformes de séquençage à haut débit
  • La maintenance d’une base de données intégrative (GOOD) et de bases de données de résultats génétiques
  • La gestion et l’extension des bases de données cliniques
  • La gestion des ressources informatiques (serveurs, espaces de stockage, bases de données, logiciels)
  • La mise à niveau des capacités informatiques en termes de puissance de calcul et de stockage de données (calcul GPU, …)

Nos principaux projets de développements futurs sont :

  • Le développement d’une interface en ligne pour la mise à disposition des résultats  génétiques
 
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