Séquençage et NGS

Notre laboratoire est équipé des technologies les plus performantes et innovantes dédiées au séquençage et au NGS. Nous sommes ainsi capable de répondre à l’ensemble des demandes dans ce domaine, qu’il s’agisse de la préparation robotisée de librairies en vue du séquençage haut débit, que ce soit pour des projets de séquençage d’exomes, de séquençage ciblé, de séquençage de génome et aussi de métagénomique, le séquençage De Novo ou la détection de mutations.

NovaSeq 6000, HiSeq 2500, HiSeq 4000, NextSeq 500, MiSeq, CBot – Illumina

Illumina offre des plateformes innovantes de séquençage de nouvelle génération (NGS) lesquelles génèrent des données de qualité, à une échelle sans précédent. Le NGS permet le séquençage rapide d’ADN génomiques. Les derniers séquenceurs ADN d’Illumina permettent une grande variété d’utilisations, et peuvent produire de quelques gigabases à plus d’un terabase de données en un seul run de séquençage. En cliquant sur le lien ici vous pourrez consulter les spécificités des séquenceurs Illumina.

Applications : Le séquençage via les plate-formes Illumina permet un large éventail d’applications, telles que le séquençage de l’ensemble du génome, le séquençage de novo, le séquençage de région ciblée, la découverte de mutations, et l’identification des variations du nombre de copies. Applications :

  • Séquençage complet du génome (WGS): pour caractériser des génomes entiers de toutes tailles
  • Séquençage d’Exome (WES): séquençage des régions codantes, peut être envisagé comme une alternative rentable au WGS
  • Re-séquençage & séquençage ciblé : séquençage spécifique de panels de gènes d’intérêt
  • Séquençage de novo: Séquence et assemblage de nouveaux génomes
  • Séquençage mitochondrial: séquençage réalisé en vue de détecter des mutations associées à des maladies mitochondriales
  • Séquençage de transcriptomes
  • Epigénétique : séquençage des régions méthylées du génome après transformation bisulfite
  • Métagénomique : séquençage des sous unités 16S / 18S afin de caractériser les population microbiennes

Le Miseq est dédié à de petits génomes, au reséquençage d’amplicons ou séquençage ciblé.
Les plate-formes Nextseq500 et HiSeq 2500 et HiSeq 4000 sont dédiées au séquençage de génomes, exomes, transcriptome.

E220 – Covaris

Le Covaris E220 est un appareil à ultrasons ciblées conçus pour le traitement des échantillons pour de nombreuses applications biologiques et chimiques, y compris, l’ADN et la chromatine, l’homogénéisation des tissus, la lyse cellulaire, dissolution, et la micronisation de particules.

L’utilisation de l’énergie acoustique (Adaptive Focused Acoustics™) permet le traitement de 1 à 96 échantillons avec précision et exactitude avec des échantillons de volumes variables.

Star – Hamilton & Bravo – Agilent

Les automates STAR (Hamilton) et Bravo Automated Liquid Handling Platform (Agilent) sont des automates de pipetage dédiés aux préparations de librairies et captures pour le séquençage de nouvelle génération. Nous pouvons automatiser les protocoles des librairies TRuSeq DNA et RNA, KAPA DNA, les librairies d’amplicons Haloplex ainsi que les captures Nimblegen et Agilent, pour de l’exome entier ou de la séquence ciblée.

Pyromark Q24 advanced – QIAGEN

Le PyroMark Q24 Advanced a amélioré la technologie de pyroséquençage et fournit, par rapport aux modèles précédents, une meilleure détection des bases en temps réel, ainsi qu’une meilleure quantification. Le PyroMark Q24 Advanced est doté d’une technologie de pointe. Il est idéal pour analyser les variations de séquence, mais plus particulièrement la méthylation d’ADN au niveau des sites CpG ou CpN. Le nouveau mode CpN du PyroMark Q24 Advanced permet désormais l’analyse de la méthylation des résidus cytosine qui ne font pas partie des ilôts CpG.

Le PyroMark Q24 Advanced permet une meilleure quantification de la méthylation dans les runs comportant de longues séquences et ce, pour n’importe quelle position dans la séquence. Précédemment, l’analyse des sites de méthylation situés assez loin du primer pouvait être incertaine, mais maintenant avec une lecture de séquences plus longues ainsi qu’une plus grande précision, la quantification de la méthylation est véritablement fiable tout au long de cette séquence.

Access array – Fluidigm

Grâce à une combinaison unique de circuits fluidiques intégrés, l’Access Array génère des bibliothèques d’amplicons en utilisant un protocole de marquage unique dans lequel sont attachés, pour chaque produit PCR, des amorces contenant les séquences des codes-barres spécifiques aux échantillons et les séquences spécifiques au séquenceur. Le multiplexage des amorces permet de construire des bibliothèques de 480 amplicons par échantillon, et les codes-barres permettent de multiplexer jusqu’à 384 échantillons dans un seul run de séquençage.

SPRIworks SPRI-TE – Beckman

Le SPRI-TE est un automate de préparation de librairie pour le séquençage de nouvelle génération Illumina ou Roche. Basé sur la technologie de purification par billes magnétiques (SPRI), il permet une sélection différentielle de la taille du fragment généré et le traitement jusqu’à 10 librairies en 5 heures.

Thunderstrom – Raindance

Le Thunderstorm de la société Raindance est une solution NGS d’enrichissement entièrement automatisée à haut débit qui permet d’analyser jusqu’à 96 échantillons en 48 heures et d’accéder à un maximum de huit panels d’amorces différentes. Le Thunderstorm est basé sur la technologie Raindance qui génère des millions de réactions PCR sous forme de picogouttelettes lipidiques permettant de cibler jusqu’à 20 000 loci pour un seul échantillon. Le système est compatible avec toutes les plateformes NGS (séquenceurs Illumina, séquenceurs Roche, Life Technologies séquenceurs, et PacBio RS).

Bioanalyzer 2100 – Agilent

Le bioanalyseur Agilent 2100 est la norme standard pour les contrôles qualité d’échantillon tels que l’ARN et a remplacé l’électrophorèse sur gel, laborieuse. Il a également remplacé rapidement l’électrophorèse sur gel pour l’analyse de fragment d’ADN et l’analyse SDS-PAGE des échantillons de protéine.