Séquençage et NGS

Notre laboratoire est équipé des technologies les plus performantes et innovantes dédiées au séquençage et au NGS. Nous sommes ainsi capable de répondre à l’ensemble des demandes dans ce domaine, qu’il s’agisse de la préparation robotisée de librairies en vue du séquençage haut débit, que ce soit pour des projets de séquençage d’exomes, de séquençage ciblé, de séquençage de génome et aussi de métagénomique, le séquençage De Novo ou la détection de mutations.

NovaSeq 6000, NextSeq 500, MiSeq, CBot – Illumina

Illumina offre des plateformes innovantes de séquençage de nouvelle génération (NGS) lesquelles génèrent des données de qualité, à une échelle sans précédent. Le NGS permet le séquençage rapide d’ADN génomiques. Les derniers séquenceurs ADN d’Illumina permettent une grande variété d’utilisations, et peuvent produire de quelques gigabases à plus d’un terabase de données en un seul run de séquençage. En cliquant sur le lien ici vous pourrez consulter les spécificités des séquenceurs Illumina.

Applications : Le séquençage via les plate-formes Illumina permet un large éventail d’applications, telles que le séquençage de l’ensemble du génome, le séquençage de novo, le séquençage de région ciblée, la découverte de mutations, et l’identification des variations du nombre de copies. Applications :

  • Séquençage complet du génome (WGS): pour caractériser des génomes entiers de toutes tailles
  • Séquençage d’Exome (WES): séquençage des régions codantes, peut être envisagé comme une alternative rentable au WGS
  • Re-séquençage & séquençage ciblé : séquençage spécifique de panels de gènes d’intérêt
  • Séquençage de novo: Séquence et assemblage de nouveaux génomes
  • Séquençage mitochondrial: séquençage réalisé en vue de détecter des mutations associées à des maladies mitochondriales
  • Séquençage de transcriptomes
  • Epigénétique : séquençage des régions méthylées du génome après transformation bisulfite
  • Métagénomique : séquençage des sous unités 16S / 18S afin de caractériser les population microbiennes

Le Miseq est dédié à de petits génomes, au reséquençage d’amplicons ou séquençage ciblé.
Le Nextseq500 est dédié au séquençage de génomes, exomes, transcriptome.

E220 – Covaris

Le Covaris E220 est un appareil à ultrasons ciblées conçus pour le traitement des échantillons pour de nombreuses applications biologiques et chimiques, y compris, l’ADN et la chromatine, l’homogénéisation des tissus, la lyse cellulaire, dissolution, et la micronisation de particules.

L’utilisation de l’énergie acoustique (Adaptive Focused Acoustics™) permet le traitement de 1 à 96 échantillons avec précision et exactitude avec des échantillons de volumes variables.

STARlet – Hamilton, Bravo – Agilent & Sciclone - Perkin Elmer

Les automates STARlet (Hamilton), Bravo Automated Liquid Handling Platform (Agilent) et Sciclone® G3 NGSx iQ™ (Perkin Elmer) sont des automates de pipetage dédiés aux préparations de librairies et captures pour le séquençage de nouvelle génération. Nous pouvons automatiser les protocoles des librairies TRuSeq DNA et RNA, KAPA DNA, les librairies d’amplicons Haloplex ainsi que les captures Nimblegen et Agilent, pour de l’exome entier ou de la séquence ciblée.

Chemagic Prime - Perkin Elmer

Le Chemagic Prime est une plateforme hautement automatisé combinant la technologie breveté M-PVA Magnetic Bead pour la purification d’ADN et d’ARN avec manipulation de liquide pour offrir une isolation automatisée haut-débit d’acides nucléiques ultra-pure. L’élément de manipulation liquide transfert les échantillons primaires sur des plaques appropriées pour une purification automatique d’acide nucléique qui sont ensuite à leur tour automatiquement chargés sur le pont d’extraction.

LabChip GX Touch Nucleic Acid Analyzer - Perkin Elmer

La quantification et l’analyse de la taille d’ADN et d’ARN peuvent être réalisées rapidement (quelques secondes) en utilisant une technique automatisée de séparation par électrophorèse capillaire. La technologie d’analyse d’acide nucléique microfluidique du LabChip GX Touch génère des données haute-résolution reproductibles et est optimale pour :

• La préparation de librairie NGS (analyse de fragment) et contrôle qualité
• Analyse d’ARN et d’ADN (y compris sans cellule (ADN libre circulant, FFPE, biopsie liquide et échantillons sans PCR)
• Quantification et qualification pour l’analyse d’un fragment par CRISPR
• Gel d’agarose workflow

Bioanalyzer 2100 – Agilent

Le bioanalyseur Agilent 2100 est la norme standard pour les contrôles qualité d’échantillon tels que l’ARN et a remplacé l’électrophorèse sur gel, laborieuse. Il a également remplacé rapidement l’électrophorèse sur gel pour l’analyse de fragment d’ADN et l’analyse SDS-PAGE des échantillons de protéine.