Présentation

Installée dans les locaux d'EGID sur le site du CHU de Lille, la plateforme LIGAN-Médecine Personnalisée est dédiée au séquençage de nouvelle génération et à la génomique de pointe. Nos prestations couvrent l’ensemble des compétences développées à l’UMR1283-8199 : l’extraction, le génotypage, le séquençage NGS et les analyses bio-informatiques et bio-statistiques.

Détail du projet

L’utilisation de nos séquenceurs à haut débit et de notre plateforme de génotypage est dédiée à la médecine de précision. Elle est par ailleurs ouverte à toutes les applications de génétique et génomique quel que soit l’organisme. Elle inclut plusieurs séquenceurs Illumina (iSeq, MiSeq, NextSeq, NovaSeq), divers robots pour la préparation de librairies, un plateau dédié au génotypage et d’autres appareils de pointe de génomique (NanoString).

La plateforme est en tout premier lieu le développement de protocoles adaptés à la recherche en génétique des maladies humaines ; les équipements nous permettent d’entreprendre et de développer davantage de projets de recherche sur le plan national et international en utilisant l’état de l’art avec les technologies liées au séquençage de nouvelle génération (Next Generation Sequencing – NGS).

  • Comment ? en optimisant l’utilisation de la plateforme de séquençage à haut débit. Ceci à des fins de diagnostic étiologique des maladies génétiques rares ou fréquentes et de médecine personnalisée.
  • Pour qui ? LIGAN-PM est à la fois un outil dédié à la science avec une haute expertise en NGS en génétique humaine et également une plate-forme de service ouverte aux collaborations et prestations.
  • Les moyens ? l’équipe est constituée de plusieurs groupes :
    • Un groupe biobanque, pour les extractions d’ADN et d’ARN,
    • Un groupe puce à ADN pour les analyses de méthylation et GWAS,
    • Un groupe NGS pour le développement et l’application de protocoles,
    • Un groupe expérimenté en bioinformatique pour l’analyse des données à l’issue du séquençage,
    • Un groupe expérimenté en statistique, pour l’analyse des données de micro-array (GWAS, méthylation) ou de transcriptomique (RNA-seq, technologie NanoString),
    • Un groupe pour le management des ressources informatiques afin de gérer les analyses bioinformatiques et de stoker les données générées pendant la durée du projet, et au-delà.
    • Un groupe dédié à la relation client qui est en charge de la gestion des prestations et des collaborations,

 

La plateforme LIGAN-PM est désormais labellisée GIS IBiSA et fait partie du noyau central de France Génomique. 


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Nos missions :

LIGAN est une plateforme qui regroupe un ensemble de technologies de haute qualité et parmi les plus puissantes dans le domaine du NGS, capable de répondre à des projets (moyen/haut débit/très haut débit) de génotypage, de séquençage, de transcriptomique et d’analyses bio-informatiques et statistiques.

Notre objectif est d’offrir aux communautés scientifiques académiques et médicales, ainsi qu’aux laboratoires privés, un ensemble complet d’outils et de compétences dans le domaine de la génomique.   

Nous sommes capables de répondre à l’ensemble des demandes dans ces domaines, qu’il s’agisse de la préparation robotisée de librairies WES, RNAseq, WGS en vue du séquençage haut débit, de projet de transcriptomique via technologie NanoString, d’analyses de méthylation et de GWAS via IScan.

Notre expertise s’étend jusqu’à l’analyse bio-informatique et/ou bio-statistique de toutes les données générées via ces technologies.

Nous sommes des acteurs de renommée internationale dans le domaine de la génomique du diabète et de l’obésité. Nos expertises sont reconnues en GWAS et NGS. Nous développons nos propres pipelines d’analyses.

Nous vous accompagnons depuis le montage de votre projet, jusqu’aux analyses des données obtenues. Nos outils et notre expertise nous permettent de nous adapter à vos projets et de vous proposer les technologies appropriées.

Le personnel technique assure le bon fonctionnement des équipements et organise l’activité en fonction des projets de recherche, des prestations de services et des collaborations de la plateforme.

 

Les partenaires :

Les acteurs impliqués dans l’accord de consortium LIGAN sont :