🔬 Présentation
La plateforme LIGAN propose la solution SomaSeq, une technologie de protéomique à grande échelle combinant une préparation automatisée des échantillons et un séquençage nouvelle génération (NGS).
Cette approche permet la capture et la quantification simultanées de plus de 9 500 protéines à partir d’échantillons de plasma ou de sérum humain, et bien plus encore !
⚙️ Principe général
La technologie repose sur :
- Une utilisation d’aptamères (SOMAmer) spécifiques aux protéines cibles
- Une préparation automatisée et standardisée des échantillons permettant la reproductibilité et la sensibilité la meilleure du marché
- Une génération de librairies compatibles NGS
- Une quantification protéique via des outils bio-informatiques dédiés
Elle associe profondeur d’analyse, robustesse technique et standardisation du workflow.
🚀 Applications
La technologie SomaSeq est particulièrement adaptée pour :
- Études de cohortes à grande échelle
- Identification de signatures protéiques complexes
- Projets de recherche translationnelle
- Intégration dans des approches multi-omiques
- Exploration systématique du protéome circulant
🔧Infrastructure technologique
La mise en œuvre du SomaSeq s’appuie sur une organisation technologique en deux étapes :
- une phase automatisée de préparation des échantillons dédiée à la génération des librairies compatibles NGS
- une lecture par séquençage réalisée sur notre plateforme NovaSeq X Plus
Cette configuration garantit maîtrise du flux analytique, capacité de traitement élevée et standardisation des performances.
Équipement de préparation :
Illumina Protein Prep Automation System (IPPAS) – Robot TECAN Fluent adapté au protocole, permettant la génération des librairies.
Séquençage :
Illumina NovaSeq X Plus – Séquençage nouvelle génération haute capacité.
Analyse :
Serveur DRAGEN hébergé localement (Illumina) – Génération, traitement et normalisation des résultats