🔬 Présentation
La plateforme LIGAN met à votre disposition la solution Illumina 5-base, une technologie multi-omique révolutionnaire qui combine la détection des variants génétiques et l’analyse globale de la méthylation de l’ADN (5mC) en une seule expérience.
En s’appuyant sur l’expertise de nos équipes pour la préparation des librairies, cette approche offre une sensibilité remarquable, un taux d’alignement élevé et une couverture homogène, idéale pour révéler la richesse épigénétique de vos échantillons.
⚙️ Principe général
La technologie 5-base repose sur :
Une conversion enzymatique douce et directe : contrairement aux traitements chimiques agressifs au bisulfite, la conversion enzymatique préserve l’intégrité et la diversité des séquences d’ADN.
Une préparation manuelle sur-mesure : un traitement minutieux réalisé par nos ingénieurs, garantissant une flexibilité maximale et une haute qualité d’exécution.
Un double résultat en un seul run : obtention conjointe du génotypage et du profil de méthylation, évitant le recours à deux essais séparés.
🌟 Avantages
Qualité des données : couverture des sites CpG jusqu’à 60 % supérieure aux méthodes traditionnelles (WGBS/Bisulfite) et biais de GC réduits.
Économie d’échantillon et de temps : une seule préparation et un seul séquençage pour deux niveaux d’information biologique.
🔧 Infrastructure technologique
La mise en œuvre de la solution 5-base par la plateforme LIGAN s’appuie sur une chaîne analytique maîtrisée :
- Préparation des échantillons :
Protocole manuel d’excellence (Illumina 5-Base DNA Prep) réalisé par nos ingénieurs, assurant un contrôle qualité rigoureux à chaque étape de la génération des librairies.
- Séquençage haute capacité :
Illumina NovaSeq X Plus – Garantissant un débit massif, une profondeur de lecture optimale et un coût par giga-base très compétitif.
- Analyse bio-informatique :
Serveur DRAGEN hébergé localement (Illumina) – Traitement secondaire intégré pour le découplage des variants génétiques et des annotations de méthylation en un temps record.